产品应用

相关产品

相关产品资讯

您现在的位置:首页 > 产品应用 > 系统方案 > 系统方案

LI-6800数据分析 | 文章的图形和照片的拼接也可以用 R 啦

来源:北京力高泰科技有限公司 发布时间:2021-09-01 15:27:54 点击数:178 使用提问 咨询价格

1630032458688472.jpg

1630480210637122.jpg

LI-6800高级光合-荧光测量系统

在文章中难免有太多需要拼图的地方,例如作图的时候直接将几幅图拼在一起,这种方式的拼图比较好处理,有大量的软件包做这个事情,例如优秀的 patchwork,还有一种就是实验的拍照,需要拼图,或者拍照和作图拼在一起,这种方式我们通常都手动处理,实际上,现在在 R 里也有解决方案了,那就是今天要介绍的 figpatch 软件包,与 patchwork 是绝配。

安装

安装很简单,从 CRAN 即可,现在 github 不是那么好用:

1630479500787031.jpg

要使用还是必须进行一如既往的操作:

1630479546749990.jpg

使用

我这里使用两次 RACiR 测量的数据,因为这两个数据来源于水稻,所以我网上随便找了两个水稻的图片,当做两次测量的植株处理。

先将数据读入:

1630479595712229.jpg

后面简化操作步骤,用 ggplot2 默认的 loess 方式拟合一下数据,不再进行一个非线性拟合后在写入公式。

与作图数据进行拼图

1630479643143031.jpg

微信图片_20210901150054.jpg

实际上测量时水稻是种在温室里相邻的两个水池内,长势也一致,这里只是作为演示用,所以不要误会。

拼图时图形我们可以设置长宽比,方便我们调整图形的外观,例如下面三个例子:

1630479715148246.jpg

微信图片_20210901150202.jpg

1630479782104320.jpg

微信图片_20210901150312.jpg

1630479832104387.jpg

1630479849106470.jpg

标签

作为标准的科研图形,加标签很重要:

1630479888197812.jpg

微信图片_20210901150456.jpg

1630479925456093.jpg

拼接照片

拼接照片也很方便:

1630479972697630.jpg

微信图片_20210901150619.jpg

拼接多个图片

如果有大量的图片,可以先把他们拼接成向量或列表,以及利用相关参数调整边距等

1630480032138077.jpg

1630480047862245.jpg

微信图片_20210901150734.jpg

添加特定文本

figpatch 实际上是对图片进行 ggplot2 包裹,他的 fig() 实际上是 ggplot 对象,labels则是坐标轴 (x 或 y)。因而可以根据这个来定制特定文本的显示。

1630480132171335.jpg

微信图片_20210901150900.jpg

参考资料

https://github.com/bradyajohnston/figpatch