造成LI-6400光合仪读数波动的原因有很多，其中最常见的是漏气，当然也有可能是电路上的问题。我们首先分析漏气。漏气的部位不同，造成的表观现象也不同。这里我们根据CO2R和CO2S的波动情况及最常见的漏气部位作简要说明：
1. CO2S波动，CO2R稳定：造成这一现象的漏气部位一般有叶室和主机内的管路接头，例如叶室固定螺丝松动、叶室处的O型圈没有安装、叶室泡沫垫片需要更换、主机内的快速接头安装不到位等。
2. CO2S稳定，CO2R波动：这种情况比较少见，通常是由于主机内的快速接头安装不到位造成的。
3. CO2S和CO2R都波动：这种情况下先要检查进气是否稳定，比如在室内进行试验就要保证进气端的缓冲瓶要足够大。如果可以肯定进气是稳定的，就要着重检查化学药品管的位置是否漏气。比如检查化学药品管和主机接口处的O型圈是否完好，如果发生波动之前刚刚更换过化学药品，就要检查底盖是否旋紧。
如果确实不是漏气的原因，检查J行的参数，在CO2，H2O等检测信息标示是否是OK，如果不是，则说明是电路问题，或者检查L行参数，四个agc是否有大于5000的，如果有，需要检查电缆线连接是否有空隙，尤其是圆形接头处；或者CSagc接近5000，并且变化很快，也不排除是光路非常脏，则需要先清洁光路。